Københavnertunnelen anlægges som en 10 km. sænketunnel under havnebunden i Københavns havn fra Amagermotorvejen ved afslutningen af E47/E55 Syd /E20 (Malmø) på Amager under Sjællandsbroen til Nordhavn Vest og videre med en 2,5 km. gravet, støbe, dække til tunnel til Helsingørmotorvejen E47/E55 Nord, med til- og frakørsel for Express-Tunnel-Bus ved Svanemøllen Station.

Undervejs er der til- og frakørsler ved:
• Svanemøllen Station (Express-Tunnel-Bus)
• Nordhavn Vest (Sjællandssiden)
• Nordhavn Øst (Sjællandssiden)
• Refshaleøen (Amagersiden)
• City Terminalen (Sjællandssiden, Sankt Annæ Plads)
• City Terminalen (Amagersiden, Holmen)
• Langebro (Amagersiden, Amager Boulevard)
• Bernstorffsgade (Sjællandssiden)
• Islands Brygge (Amagersiden)

Mellem Operaen og det nye skuespilhus skabes København City Terminal, hvor trafik for biler, metro, Express-Tunnel-Bus, busser, taxier, cykler, samt gående samles. Herfra kan man komme rundt i byen hurtigt og let med Metro City Ringen, på cykel eller gående.